Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ın liderliğini yaptığı “Akciğer Kanseri Tek Hücre Sekanslama Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Noktası Analizleri İçin Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi” başlıklı proje, TÜBİTAK Araştırma Destek Birimi (ARDEB) Hızlı Destek Programı kapsamında desteklenmeye uygun bulundu. Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ı tebrik ederek başarılar diledi.

Projenin Amacı ve Önemi

Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, tek hücre RNA sekanslama yöntemlerinin genellikle genlerin 3’-UTR ucunun yakalanarak sekanslanmasına dayandığını belirtti. Bu sayede elde edilen veriler, genin ekspresyon seviyesini ve hangi transkript izoformunun daha aktif olduğunu gösteriyor. KHDAK tümör tek hücre transkriptom profilleri bugüne kadar tümöre özgü PA noktalarının incelenmesine konu olmamıştı. Bu projeyle, akciğer kanseri tek hücre araştırmalarındaki bu eksiklik giderilmeye çalışılacak.

Alternatif Poliadenilasyon ve Prognostik Veriler

Proje, tek hücre sekanslama çalışmalarıyla elde edilen veri setlerinin entegrasyonu ile tümör hücrelerinin normal hücrelerle karşılaştırmalı analizini yaparak, poliadenilasyon noktalarını belirlemeyi ve tümöre özgü profiller çıkarmayı amaçlıyor. Dr. Kaymaz, “Bu çalışma ile alternatif poliadenilasyon kullanımının tümör prognostik veriler ile ilişkisi incelenecek ve uzun dönemli hayatta kalıma etkisi değerlendirilecek” dedi.

Tümör Hücrelerinin Profil Analizleri

Projenin amacı, tek hücre transkriptom verileri kullanılarak KHDAK tümör hücrelerine özgü 3’-UTR kullanımı ve alternatif poliadenilasyon noktalarını belirlemek. Bu amaçla, daha önce yayınlanmış akciğer kanseri tek hücre RNAseq verileri kullanılarak, biyoinformatik araçlarla tümör hücrelerinin poliadenilasyon profilleri belirlenecek ve normal hücrelerin profilleri ile karşılaştırmalı analizler yapılacak.